Научные исследования в Санкт-Петербургской государственной медицинской академии совпадают с профилем подготовки специалистов и ведутся по следующим направлениям:

1. Создание системы мероприятий по профилактике заболеваний и оздоровлению окружающей среды на основе изучения адаптационных возможностей организма при комплексном влиянии на него различных факторов окружающей среды (воды, ночвы, воздуха, факторов химической, физической и биологической природы) и образа жизни.
2. Развитие концепции повышения адаптационных возможностей человека: коррекция дизадаптационных состояний организма адаптогенами. протекторами, препаратами синтетического и естественного происхождения.
3. Изучение вопросов патогенеза, профилактики, лечения и прогноза сердечно-сосудистых заболеваний (нарушения сердечного ритма. ИБС, инфаркт миокарда, гипертония различного генеза), наиболее распространенных гастроэнтерологических заболеваний, болезней опорно-двигательного аппарата, печеночной и почечной недостаточности.
4. Создание новых методов пластической хирургии сосудов. хирургии желчных протоков и костной ткани: совершенствование лазеро- и магнитотерании.
5. Изучение химико-лабораторных, морфологических и эпидемиологических особенностей вирусного гепатита В, его исходов и профилактики.
6. Разработка принципов профилактики и лечения заболеваний, вызванных условно-патогенными микроорганизмами.

Ученые академии совместно со специалистами Венгрии. Германии. США. Швеции. Финляндии и Франции принимают участие в 4 международных программах по проблемам организации медико-санитарной помощи, безопасного материнства. экологии городов (вопросы охраны здоровья детей), инфаркта миокарда. Ведущим научным подразделением академии является научно-исследовательский центр, включающий лаборатории морфологии и генетики, биохимии. иммунологии, физиологии, математического моделирования. эпидемиологического анализа. Комплексные исследования по этим проблемам возглавляют: академик РАМН заслуженный деятель науки В.Г. Артамонова: академик РАЕН Р.X. Яфаев: члены-корреспонденты РАЕН А.В. Борисов. В.А. Доценко. Л.П. Зуева; академик Российской академии медицинских наук А.В. Шабров; академики Международной академии наук экологии и безопасности жизнедеятельности В.С. Лучкевич, В.Г. Маймулов и И.В. Поляков; лауреаты Государственной премии Б.С. Агов, А.В. Попов и Б.В. Овчинников.

В СПбГМА работают 3 диссертационных совета по присуждению ученых степеней по 5 специальностям - эпидемиология, микробиология, инфекционные заболевания, гигиена, внутренние болезни. СПбГМА осуществляет подготовку докторов и кандидатов медицинских наук но 28 специальностям. В решении научных проблем участвуют члены студенческого научного общества, организованного в вузе еще в 20-е годы. За успехи в учебе и научной работе ряд студентов академии удостоены стипендий, учрежденных Президентом РФ и мэром Санкт-Петербурга.